21 октября 1847 г. швейцарский сейм приказал союзным войскам занять территорию мятежных кантонов. Союзная армия численностью в 100 тыс. человек принудила Фрейбург и Цуг к капитуляции. 23 ноября после ожесточенного сражения войска Зондербунда были вытеснены из их укрепленных позиций у Люцерна, а сам город занят союзной армией. На этом гражданская война в Швейцарии закончилась. Зондербунд распался. На мятежные кантоны была наложена контрибуция.

В результате поражения Зондербунда союзная конституция в 1848 г. была пересмотрена; Швейцария из непрочного союза государств превратилась в единое союзное государство. Была проведена также демократизация союзной конституции: в основу ее положено всеобщее избирательное право (для мужчин). Новая конституция облегчила проведение мероприятий, необходимых для успешного экономического развития страны: была унифицирована денежная система, введена единая система мер и весов, централизованы почта и таможня.

Реакционные правительства Европы, встревоженные поражением клерикалов в Швейцарии, попытались вмешаться. В январе 1848 г. правительства Австрии, Пруссии, Франции и России вручили швейцарскому сейму коллективную ноту, в которой заявляли, что не допустят никаких изменений в союзном договоре Швейцарии. Однако сейм в решительных выражениях отклонил это грубое вмешательство во внутренние дела Швейцарии.

Победа радикалов над клерикалами в Швейцарии имела большое международное значение. «В горах раздался первый гром и по попам ударил», - писал в начале 1848 г. немецкий революционный поэт Фрейлиграт, отмечая революционизирующее влияние, которое швейцарские события оказали на многие страны Европы.