Два момента определяют деятельность голландской компании в отношении её колониальных владений в Индонезии: во-первых, насильственное закрепление и консервирование докапиталистических производственных отношений — рабовладельческих, феодальных и, во-вторых, хищническое выкачивание продуктов у покорённого населения при широком использовании аппарата власти. Настойчиво, всеми средствами голландская компания домогалась в архипелаге Индонезии монопольного положения в колониальной торговле, не желая допустить перехода в руки конкурентов (главным образом португальцев и англичан) ни малейшей доли экспортной продукции.
Основным средством для достижения этих задач служило прекращение всяких морских связей между островами архипелага, кроме тех, которые поддерживались голландскими судами или местными, снабжёнными голландскими пропусками (оплаченными пошлиной). Служащий голландской компании Вурффбайн сообщает в своём дневнике, что экипаж джонки, прибывший без пропусков на один из островов Банда, был частью закован в кандалы, частью убит.
По свидетельству Вурффбайна, голландская компания никак не могла добиться от жителей острова Амбоины отказа от продажи «такого благородного продукта, как гвоздика», кому бы то ни было другому, креме голландцев. В результате сожжения туземных посёлков, а также казни многих тысяч «неверных амбоинцев» удавалось покорять их лишь на короткое время, затем «они снова проявляли неверность». Ежегодно 8—10 голландских кораблей из Батавии с 800—1000 солдатами приезжали на 6 месяцев для наказания непокорных амбоинцев и только в 1643 г., по свидетельству Вурффбайна, закончилась эта борьба. Дневник свидетельствует о систематическом уничтожении гвоздичных деревьев и деревьев мускатного ореха для того, чтобы не дать возможности амбоинцам продавать пряности конкурентам. Так, по сообщению Вурффбайна, «прекрасный остров Розиигейм, с лесами мускатного ореха, превращён в пустыню, так как требовал большого гарнизона для охраны и находился на расстоянии 2—3 миль от остальной группы островов Банда».
Уничтожены были также все деревья мускатного ореха на острове Пуло-Ран, из-за которого у голландцев шёл длительный спор с англичанами.
Монополизировав такими мерами в своих руках всю торговлю и сношения островов пряностей с внешним миром, компания обеспечила себе сдачу бесплатно или по минимальным ценам местной продукции, в производстве которой сама компания участия не принимала. Для этого была разработана система разнообразных мероприятий, сходных лишь в том, что все они были направлены на охранение докапиталистических, отсталых форм производственных отношений. На завоёванных островах земля распределялась (или продавалась) служащим компании в собственность с обязательством всю продукцию сдавать компании по твёрдо установленным ценам. Попытки продать продукцию на сторону сурово карались. Обработка этих «частных земель» производилась или прикреплённым к ним местным населением, над которым владелец получал феодальные права, или рабами. Спрос на рабов был очень велик, и поскольку военнопленных, обращённых в рабство во время завоеваний, не хватало, был организован специальный промысел кражи людей на соседних островах. Губернатором систематически снаряжались экспедиции для этой цели.
В областях, управляемых местными феодалами, первоначально заключались договоры о торговле, обеспечивающие голландцам свободу торговли и коммерческие привилегии; затем, по мере усиления моши компании, свобода торговли заменялась обязательством торговать исключительно с голландцами, а с 1677 г. возникает институт «леверенций» — принудительных поставок. Попавшие под власть голландских колонизаторов страны Востока подвергались систематическому ограблению, их производительные силы разрушались, экономическое и культурное развитие тормозилось.
Голландские колонизаторы обрекали население на вымирание. Непрерывный ряд крупных, жестоко подавленных восстаний, обезлюдение страны, несмотря на систематическую поставку новых рабов, громадные издержки на содержание гарнизонов, расхищение основных богатств архипелага — всё это, наряду с ростом контрабандной торговли, в которой участвовали служащие компании, привело в дальнейшем голландскую Ост-Индскую компанию к краху.
