После окончания военных действий перед Александром встала огромная и сложная задача: удержать в своих руках то, что было добыто силой оружия. Для этого ему было необходимо укрепить свою власть над необъятной империей, организовать управление ею, наладить взаимоотношения между македонянами и греками, с одной стороны, и населением восточной части новой державы — с другой.
В исторической литературе Александру часто ставят в заслугу его политику «слияния»: объединение Азии и Европы, персов и македонян на равных началах в государстве, охватывавшем население почти всей ойкумены. Действительно, в политике Александра, особенно в последние годы его жизни, наметилась тенденция сгладить резкие противоречия между завоевателями и побеждёнными. Чисто внешним выражением политики «слияния» явилось устройство пышного празднества в Сузах по случаю торжественного заключения брака Александра, а также браков его друзей и многих македонян с азиатскими женщинами. Конечно, более существенное значение имело привлечение Александром местной знати в государственный аппарат и на командные посты в армию, хотя политика Александра в этом отношении не была до конца последовательной: под конец его жизни в большинстве областей сатрапы из местного населения были заменены македонянами.
Для социального строя империи Александра характерны черты резкого неравенства и жестокой эксплуатации. Основное противоречие в новой державе вызывается уже не противоположностью • между победителями и побеждёнными, но антагонизмом между господствующим классом, в который теперь включается как греко-македонская, так и местная знать, и широкими слоями эксплуатируемого населения.
Для организации управления империей характерно смешение черт восточной деспотии с формами политического строя греческих государств. Александр использовал теорию божественного происхождения царской власти, выработанную с незапамятных времён на Востоке. Его прерогативы как гегемона общеэллинского союза и царя Македонии отошли на задний план перед неограниченной властью обожествлённого властелина огромной державы. Впрочем, развитие политических идей в Элладе шло в том же направлении и облегчало применение восточной теории власти. Героизация и обожествление политических деятелей (например, Лисандра, Тимолеонта и др.) получали в связи с общим упадком полисов, утратой ими независимости всё большее распространение.
Центральное управление огромной державой находилось в руках царя и македонской знати — сподвижников царя в его походах и высших должностных лиц по гражданскому управлению. Особое лицо стояло во главе финансового ведомства — это был один из друзей Александра, Гарпал, впоследствии, однако, бежавший в Афины с огромной суммой денег; высшую должность хилиарха, который был ближайшим помощником царя, занимал в последние годы правления Александра его друг Гефестион. Большое значение получила царская корреспонденция, которой ведал главный секретарь.
Предметом особой заботы Александра было дальнейшее укрепление армии — главной опоры македонского господства. В армии произошли к этому времени крупные перемены: в неё были включены 30 тыс. персидских юношей (эпигонов), снабжённых македонским оружием и обученных по-македонски. В состав конницы были включены лучшие персидские, согдийские и бактрийские всадники. В Описе Александр собрал македонских воинов и отдал приказ о награждении больных и отслуживших и об отпуске их на родину. Этот приказ вызвал бурю негодования: воины требовали роспуска всей армии, щедрых наград и кричали Александру, что дальше он может воевать один «со своим отцом Амоном». Протест принял резкие формы и охватил всю массу греко-македонских воинов. Александр прибегнул к крайним мерам: зачинщики были немедленно схвачены и казнены. Однако вместе с тем Александр вынужден был пойти навстречу требованиям войска: через несколько дней каждому воину была гыдана плата не только за прошлую службу, но и вперёд — за время, нужное для возвращения домой. Десять тысяч македонян были отправлены на родину.
Крайне важным вопросом для Александра было урегулирование отношений с греческими городами. Завоевания оказали глубокое влияние на Грецию. Она выслала на Восток множество воинов, мастеров, торговцев, искателей приключений; много неимущего люда нашло выход в военной службе. Немалая часть богатств, доставшихся на Востоке греко-македонским завоевателям, перекочевала в города Эллады. Но это не ослабило противоречий между ними и Македонией. Все эти годы Греция продолжала оставаться ареной ожесточённых столкновений. Антимакедонские группировки в греческих городах хотя и были подавлены, но выжидали более благоприятного стечения обстоятельств, чтобы выступить снова. В 324 г. Александром был издан указ, согласно которому все города обязаны были принять изгнанников и возместить им ущерб, связанный с конфискацией и продажей их имущества. Вмешательство во внутренние отношения полисов, возможно, преследовало в данном случае определённую тактическую цель — разжечь социальные конфликты, чтобы затруднить консолидацию антимакедонских сил.
Завоевания Александра отразились на экономической жизни как Эллады, так и Востока. Открылись широкие возможности для торговли. Связи со Средней Азией, Индией, Аравией и областями, расположенными у Каспийского моря, сделались более тесными. Количество драгоценных металлов, находившихся в обращении, снльно увеличилось. Большое влияние на развитие обмена оказало введение единой для Греции и Передней Азии монетной системы. Золотые статеры и серебряные тетрадрахмы Александра с его изображением получили широкое распространение, их продолжали чеканить долгие годы и после его смерти.
В политике Александра уже намечается в основных своих чертах экономическая программа эллинистических государств: широкая военная колонизация, усиление старых и создание новых автономных городских центров, укрепление в них рабовладельческих порядков, эксплуатация внегородских земледельческих территорий, мероприятия, способствовавшие развитию сельского хозяйства, ремесла и обмена. И античные и новейшие историки сильно преувеличивали число и значение городов, основанных Александром. Тем не менее не приходится отрицать, что за время завоевания возникло несколько новых крупных центров, которые вскоре приобрели большое значение. Важнейшими из них были: Александрия в Египте, Александрия Ариана (Герат), Александрия Арахосия (Кандагар), Александрия Маргиана, Александрия Эсхата и др.
Одним из результатов похода было значительное расширение географического кругозора греков, поскольку завоевания сопровождались рядом географических открытий, имевших громадное значение. Путешествие Неарха от устья Инда к устью Тигра и Евфрата привело к открытию новых морских путей. Была также послана особая экспедиция для изучения побережья Гирканского (Каспийского) моря. В 324 г. до н. э. Александр участвовал в экспедиции к устью Евфрата; у него возник план направить эту реку по новому руслу и оросить новые земли. С экономическими целями был связан и намечавшийся поход через Персидский залив; для предварительного исследования пути в Аравию были посланы три экспедиции. Весной 323г. до н.э..в Вавилоне шли самые оживлённые приготовления к этому новому походу. Сюда стали прибывать войска из Карий и Лидии, появлялись отряды наёмников. Александр задумал новую реорганизацию армии, ещё более широкое проведение принципа «слияния». В разгаре этих приготовлений Александр внезапно заболел и 13 июня 323 г. до н. э. умер.