В течение всего VIII в. в Нарской монархии не прекращалась борьба внутри господствующего класса. Некоторые представители старой родовой и рабовладельческой знати, оттеснённые от власти теми группами, которые пришли к ней после переворота Тайка, стремились к восстановлению прежнего положения. Во главе этой группы стоял род Отомо. Во главе же группы, пришедшей к власти после переворота 645 г., находился род Фудзивара. Борьба между ними закончилась в 80-х годах VIII в. поражением рода Отомо. Это свидетельствовало о прочности установившихся феодальных отношений.
После разгрома остатков старой знати Фудзивара стали стремиться к ослаблению императорского дома. Им удалось захватить императора и перевезти его из города Нара в провинцию Ямасиро, где были их владения. Здесь, в районе равнины Кадоно, они начали возводить город в качестве новой столицы государства. Постройка была закончена в 794 г. Новая столица получила название Хэйан-кё — столица Хэйан. Это тот самый город, который под именем Киото оставался столицей Японского государства до 1868 г.
Лишив императоров реальной власти, Фудзивара постарались ликвидировать представление о «божественном происхождении» императорского дома, и, как свидетельствуют литературные памятники IX—XI вв., это в значительной мере удалось: в данных памятниках нет и следа концепции, развитой в «Кодзики» и «Нихонги». Превратившись в фактических правителей государства, Фудзивара постарались закрепить своё положение официально, присвоив себе посты регента (в случае несовершеннолетия императора) и канцлера (при взрослом императоре). Так в том или ином звании члены дома Фудзивара правили Японией в течение двух столетий — с середины IX до середины XI в.
Упадок надельной системы и рост феодальных поместий (сёэн)
Утверждение власти дома Фудзивара было связано с переходом от господства одной формы феодальной собственности на землю — государственной к господству другой — собственности отдельных феодалов. Уже давно в стране существовали такие формы земельной собственности, как «должностные» и «ранговые» наделы, наделы за заслуги. Вначале владение такими землями носило условный характер, но постепенно на этой почве вырастали поместья, основанные на земельной собственности отдельных феодалов. Совершенно вне рамок надельной системы развивалось земельное держание, связанное с распашкой нови: поднятые участки оставались в руках тех, кто их обрабатывал. В 743 г. последовало и законодательное признание таких земель частной собственностью. Естественно, что новые земли попадали главным образом в руки господствующего класса, пользовавшегося для распашки целины трудом приписанных к «должностным» наделам крестьян.
К середине X в. новая форма феодальной собственности в Японии полностью утвердилась. При этом члены сильно разросшегося дома Фудзивара, захватившие важнейшие посты в государстве и сосредоточившие в своих руках массу всяких «наделов», постепенно превратили их в собственные поместья (сёэн) и стали крупнейшими земельными собственниками в стране. Рост поместий вызывал непрерывное сокращение числа государственных надельных дворов. В связи с этим уменьшились и доходы центральной власти. Уменьшение же прежних доходов правительственный аппарат и придворная знать стремились компенсировать усилением налогового обложения. Крестьяне отвечали на это бегством с земли и борьбой со своими эксплуататорами. Иногда крестьянские движения охватывали довольно обширные районы. Так было, например, в 877—884 гг. в провинции Тикуго. В начале XI в нападению крестьянских отрядов подверглась даже столица — город Хэйан. Часть крестьян уходила с государственных наделов в поместья феодалов, где она искала защиты от поборов правительственных чиновников. С X в. поместья не только были освобождены от всякого обложения, но и получили полный административный и судебный иммунитет. По терминологии законодательства того времени, они составляли «земли, на которые губернаторы провинций не имели права вступать» (кокуси фушо-но ти). Это обстоятельство позволило владельцам поместий на первых порах ограничиваться менее тяжёлой эксплуатацией в сравнении с той, которой крестьяне подвергались на надельных землях. Налоговые переписи свидетельствуют о почти полном исчезновении надельного крестьянства к XI в.
Возникновение ленных отношений. Сёгунат
В связи с ростом экономической и политической мощи крупных феодалов центральная государственная власть, осуществлявшаяся регентами и канцлерами из дома Фудзивара при номинальном правлении императоров, потеряла в стране всякое значение. Переход к феодальной раздробленности со всей наглядностью обнаружился в событиях, развернувшихся в 1069 г. Враждебные дому Фудзивара феодалы, к которым присоединились и некоторые члены этой фамилии, боровшиеся друг с другом из-за владений, званий и постов, похитили императора и увезли ею из столицы в монастырь Хиэйдзан, имевший в своем распоряжении крупные военные силы. Фудзивара ответили на это возведением на престол нового императора. Так образовались два лагеря, с 1086 г. претендовавшие на положение центрального правительства в стране — в Киото и в монастыре Хиэйдзан. Такое состояние продолжалось около ста лет — до 1167 г. В стране хозяйничали феодалы, считавшиеся с киотоским или хиэйдзанским лагерем лишь постольку, поскольку им это было выгодно. Между крупными феодалами шла непрекращавшаяся борьба, так как каждый из них стремился к приобретению всё новых и новых поместий, часто расположенных в различных местах охраны. Так, например, дом Тайра в середине XII в. имел более 600 поместий.
Такая обстановка делала неизбежным появление у феодалов собственных вооружённых сил. Феодалы формировали свои отряды главным образом из так называемых нануси, крестьянских старост. Это была хозяйственно наиболее «крепкая» и влиятельная часть крестьянства, поскольку пост старосты обычно составлял наследственную прерогативу определенных семей. Служба в отрядах привела к возникновению новых порядков внутри поместья: владелец поместья стал передавать своим дружинникам в пользование участки земли в качестве вознаграждения за службу. Так в крупных поместьях стали формироваться ленные отношения, отношения сеньора и вассала. Это привело к развитию мелкою ленного землевладения. На этой почве создавались новые отношения между отдельными слоями феодалов и стали складывался большие группировки феодалов со своими вождями. Ко второй половине XII в. наиболее крупными из таких группировок оказались две: одна, образовавшаяся на востоке острова Хонсю во главе с домом Минамото, другая — в юго-западной части Хонсю во главе с домом Тайра. Между ними и разразилась борьба за власть над всей страной. В 1185 г. эта борьба закончилась полным разгромом дома Тайра. В 1192 г. победители провозгласили своего вождя — сёгуна (буквально — верховного военачальника) Минамото Йоритомо — правителем государства. С этого момента слово «сёгун» превратилось в официальное обозначение военно-феодальных правителей Японии, а слово бакуфу, которым обозначалась ставка сёгуна, — в официальное наименование его правительства.
В 1221 г. были ликвидированы последние крупные феодалы, пытавшиеся сопротивляться новому правительству; в числе их имелись и члены императорского дома. Однако Йоритомо не уничтожил императорскою власть. Он оставил императоров на престоле как исконных носителей верховных жреческих функций. В то же время для пресечения у императоров самой возможности сделать какие-либо попытки вернуть себе реальную власть, в Киото, оставшийся местом их пребывания, был введён гарнизон, командующий которого следил за каждым шагом императора. Резиденцией сёгуна и его правительства стало место главной ставки Минамото — селение Камакура, ныне город на восточном побережье острова Хонсю (неподалёку от Токио).