Голландцы и англичане были осведомлены о слабых пунктах португальцев в Юго-Восточной Азии, а потому первые свои экспедиции направили на острова Ява, Суматра, Тернате, Банда, Молукки, отдалённые от основных баз португальского флота. В 1603 г. голландцы основывают свою первую факторию на Яве. Попытки португальского флота воспрепятствовать проникновению соперников привели к поражениям португальцев.
По просьбе и с помощью мусульманских феодальных владетелей Молуккских островов голландцы вытесняют португальские гарнизоны, ставят свой гарнизон на острове Амбоина и постепенно закрепляются на всём архипелаге. Уже в результате первых экспедиций, направленных к одним и тем же пунктам, начинаются столкновения между англичанами и Голландцами. Но голландцы оказались значительно сильнее, и англичанам приходилось уступать им лучшие места, а именно острова, богатые пряностями. Англичане обосновались на полуострове Индостан, где они добились покровительства Великих Моголов.
В столицу Моголов направляются посольства английской Ост-Индской компании и короля. В 1609 г. основывается первая торговая контора (фактория) англичан в Индии — в Сурате, а в 1613 г. английской компании удаётся получить от падишаха Джахангира фирман на право торговли во всех его владениях с твёрдо установленной пошлиной в 3,5% на все товары. Это ставило англичан в более благоприятное положение по сравнению с местными торговцами, обложенными многообразными, часто зависящими от произвола провинциальных властей, пошлинами.
По перемирию 1609 г. с Голландией Испания, жертвуя интересами объединённой с ней Португалии, признает за Голландией право свободной торювли в Индии и Юго-Восточной Азии. Впервые и притом в пользу «еретической» страны официально нарушается скреплённый папской буллой принцип раздела зон господства между Испанией и Португалией.
Захваты голландцев
В 1619 г. голландцы захватывают и разрушают город Джакарту (остров Ява) и основывают на его месте свой торговый и административный центр — Ватавию. В этом же году заключается соглашение между англичанами и голландцами о совместных действиях против португальцев и о доле в торговле пряностями с Молуккских островов: одна треть шла англичанам, две трети — голландцам. Но соотношение сил соперников было таково, что англичанам приходилось искать поддержки голландцев; последние, чувствуя себя господами положения, не придавали значения взятым на себя обязательствам.
В 1623 г. произошёл кровавый инцидент на острове Амбоина. Голландский губернатор арестовал англичан, находившихся на острове, на основе показаний, данных под пыткой, обвинил в заговоре против голландской власти и казнил их. Протесты английскою правительства ни к чему не привели. После этого инцидента англичане ушли с островов и ограничились торговой деятельностью в Индии.
Но голландцы не ограничились захватом в свои руки торговли в странах Южных морей. Они к этому времени овладели торговлей с Китаем и Японией, обосновались на острове Тайвань и стремились, оттеснив англичан, закрепиться в Индии. В Карнатике они получили исключительное право торговли. В 1627 г. голландцы основали факторию в Бенгалии, в 1655 г. превращённую в самостоятельный директорат Венгалии. Ввиду слабости английской Ост-Индской компании её политика до конца XVII в. характеризовалась двумя чертами: во-первых, стремлением обеспечить себе покровительство могущественных восточных государей — Великих Моголов и шаха Ирана; во-вторых, поисками европейских союзников против конкурентов. Неудавшийся союз с голландцами против португальцев заменяется в 1635 г. союзом с португальцами против голландцев. Однако новые союзники не обладали достаточной силой, и голландцы продолжали захваты португальских владений. В 1656 г. голландцы проникли на остров Цейлон, но окончательно вытеснить оттуда португальцев им удалось лишь в 1618 г.
Крупную перемену в положении на Востоке внесло отделение Португалии от Испании. Вынужденная защищать свою собстгенную независимость, Португалия оказалась без флота, без средств для борьбы за колонии. В 1641 г. португальский король Жуан IV заключил с голландцами мир и союз. Отказавшись от возврата уже потерянных колоний, он предоставил Голландии ряд торговых привилегий. В договор была внесена оговорка о том, что в колониях он входит в силу только через год после подписания. Этим годичным сроком Голландия воспользовалась, чтобы захватить у своего бессильного союзника ряд важнейших опорных пунктов — Малакку, Сан-Томе, Анголу. Это нанесло окончательный удар господству Португалии в Юго-Восточной Азии. Место феодальной колониальной империи Португалии к середине XVII в. заняла частная купеческая Ост-Индская компания Голландии. Официальное признание эта победа буржуазного государства над феодальньм получила в Мюнстерском (Вестфальском) мирном договоре 1648 г., по которому демаркационная линия, ранее делившая зоны господства между Испанией и Португалией, теперь устанавливалась между Испанией и Голландией. В 1652 г. голландцы захватывают у Португалии мыс Доброй Надежды и основывают здесь не только торговую, но и первую поселенческую колонию.
1648 год является высшей точкой торгового могущества Голландии. В дальнейшем голландцы продолжают захваты остатков португальских владений в Индии, пока в 1663 г. в руках Португалии не остались лишь три пункта — Гоа, Диу и Даман.
