Падение Сривиджайи и возникновение империи Маджапахит
Могущество Сривиджайи — самого крупного и самого сильного государства в районе Южных морей к XII в. стало ослабевать. От Сривиджайи отпало княжество Малайя на Суматре, в районе Джамби, к северо-западу от Палембанга (XII в.), а в следующем столетии стало независимым королевство Тамбралинга на севере Малайского полуострова, у перешейка Кра. Важные перемены, решившие судьбу Сривиджайи, произошли и на Яве.
В восточнояванском государстве Кадири, державшем под контролем торговые пути к Целебесу и другим островам современной Восточной Индонезии, в начале XIII в. пришла к власти новая династия, при одном из королей которой — Кертанагара (1268—1292) — этому королевству удалось распространить свою власть почти на всю Яву и даже на княжество Малайю на Суматре. Укрепившись в этой части Суматры, яванцы начали продвигаться в глубь территории Сривиджайи, и к концу XIII в. под властью этого королевства остались только районы, ближайшие к Палембангу. Центром образовавшегося могущественного Яванского государства стал Сингхасари, к северу от нынешнего Маланга.
В это время вал монгольского нашествия докатился и до стран Южных морей. Подчинив себе Южный Китай, войска монгольских ханов в 1257 г. вторглись во Вьетнам, а в 1277 г. — в Бирму. В 1289г. Хубилай направил в Сингхасари посольство с требованием покорности и дани. Король Кертанагара не только не подчинился, но и изгнал послов великого хана. В начале 1292 г. у берегов Явы появился монгольский флот, высадивший войска. Однако это вторжение произошло уже после того, как Кертанагара был убит одним из принцев прежней династии Виджайя. Зять убитого короля с помощью монголо-китайских отрядов сначала восстановил власть своего дома, а затем возглавил народную борьбу против иноземных завоевателей. Последние должны были покинуть страну. Столицей государства с 1294 г. сделалось селение Маджапахит (близ нынешней Сурабаи), по названию которого стали именовать и всё Яванское государство.
Рост и усиление Яванского государства связаны с деятельностью Гаджах Мала, ставшего в 1331 г. первым министром и до 1364 г. фактически правившего страной. Самобытная культура этого государства была обогащена элементами индийской, китайской и арабской культур. С середины XIV в. начался непрерывный территориальный рост этого государства. При короле Хаям Вуруке (1350—1389) оно установило свою власть над большей частью островов будущей Индонезии, почти над всей Суматрой, над княжествами Малайского полуострова, даже над южным и западным побережьями Борнео. С 1365 г. Сривиджайя — это старое и могущественное государство Южных морей — перестала существовать; её территория вошла в состав империи Маджапахит. В этой империи историки и видят начало современной Индонезии.
Борьба за господство на торговых путях. Образование Малаккского султаната
Дальнейшему развитию государства Маджапахит помешала, однако, общая обстановка, складывавшаяся в Юго-Восточной Азии с середины XIV в. С 1350 г. стал усиливаться Сиам, постепенно превратившийся в самое сильное государство на полуострове Индо-Китай. Развитие мореплавания и непрерывный рост торговли между Западом и Востоком, осуществлявшейся южным морским путём, неуклонно возвышали значение стран, расположенных у Малаккского пролива. Сиам стал подчинять своему влиянию небольшие княжества Малайского полуострова, находившиеся южнее и входившие в зону влияния Яванского государства.
Наибольшее значение среди них имел тогда Темасек. В начале XIV в. он входил в состав Сривиджайи, но с середины столетия за овладение этим пунктом, контролировавшим выход из Малаккского пролива в Южно-Китайское и Яванское моря, вступили в борьбу Сиам и Ява. В 1360 г. под власть Сиама перешла вся южная оконечность Малайского полуострова. Вначале 60-х годов XIV в., когда пал последний осколок некогда могущественной Сривиджайи — Палембанг, часть населения с принцем Парамесвара во главе перешла на Малайский полуостров и в 1365 г. захватила Темасек, хотя и не надолго; в 1376 г. произошло новое вторжение выходцев из Суматры в Темасек. В 1381 г. они были, однако, вытеснены из Темасека сиамцами и передвинулись к северу — в район реки Муар. Другая группа выходцев из Палембанга проникла в район Малакки. Обе группы затем объединились и образовали здесь своё государство, во главе которого стал принц Парамесвара.
В течение первой четверти XV в. значение Малакки как гавани на великом торговом пути быстро возрастало. Индийские, арабские и персидские купцы, стремившиеся к портам восточного побережья Индо-Китая и оттуда — к портам Юго-Восточного Китая, не всегда рисковали пользоваться Малаккским проливом, где свирепствовали пираты. Этим купцам приходилось из гаваней северо-западной Суматры проходить к восточному побережью Индо-Китая через Зондский пролив, т. е. огибая всю Суматру. Этот путь был гораздо длиннее и опаснее с точки зрения мореходных условий, чем путь через Малаккский пролив. Поэтому развивавшаяся торговля требовала устранения препятствия для движения этим проливом. Малакка могла стать, с одной стороны, перевалочным пунктом, хорошей гаванью для стоянки судов, а с другой стороны — опорным пунктом борьбы с пиратами. Интересы купцов совпали в данном случае с интересами правителей Малакки: и тем и другим нужна была сильная власть в государстве. Усилению вновь возникшего государства содействовала и политика его правителя. Парамесвара принял ислам. Это обеспечило ему поддержку купцов, в своей подавляющей массе — мусульман, а также привело к политическому сближению с княжествами Педир, Пасан и Перлак в северо-западной части Суматры, контролировавшими вход в Малаккский пролив: здесь ислам стал распространяться ещё с конца XIII в. Таким образом, по обеим сторонам пролива образовались мусульманские княжества, т. е. создались условия, наиболее благоприятные для купцов-мусульман. В этих княжествах, а через них и в других областях Индонезии стала всё шире распространяться мусульманская культура. Это была культура не только Гуджарата, т. е. той части Индии, где к этому времени мусульманство прочно утвердилось, но и арабских стран.
Парамесвара, принявший после обращения в ислам титул Искандер-шаха, умер в 1424 г. Музаффар-шах, утвердившийся у власти в 1445 г., принял титул султана Малакки. При этом султане и его преемнике Мансур-шахе ислам из Малакки стал распространяться в восточной части Суматры, а оттуда — на северное побережье Явы и далее — к Молуккским островам. Одновременно росло и политическое влияние Малаккского султаната. Так у Сиама и Явы, двух старых претендентов на господство в районах, где проходили главные торговые пути с Запада на Восток, появился новый серьёзный соперник — Малаккский султанат.
В 1445 и 1456 гг. сиамцы нападали на Малакку. Эти нападения были отражены, а в 1460 г. уже сами правители Малакки двинулись на север и подчинили себе княжества Перак, Кедах и Патани в северной части Малайского полуострова. Во второй половине XV в. Малаккский султан овладел южной оконечностью полуострова — Темасеком, районом будущего Сингапура. Были захвачены и острова Риоу и Линга, расположенные при выходе из пролива. Так как эти острова служили ранее главной базой пиратов, то теперь были созданы относительно благоприятные условия плавания по Малаккскому проливу. Но власть Малаккского султаната в этом районе не была устойчивой. Войны с подвластными княжествами велись почти непрерывно: шла борьба за ключевые позиции для вывоза товаров и уничтожения пиратских баз и флотилий. Так, например, обладание княжествами Перак и Кедах на севере Малайского полуострова обеспечивало вывоз олова; владение княжествами Кампар и Индрагири на Суматре давало возможность вывозить золото; владение островами Риоу и Линга обеспечивало безопасное плавание в этих районах. К концу XV в. господство над великим морским торговым путём в этом районе перешло к Малаккскому султанату. Порт Малакка стал одним из крупнейших центров международной торговли. Империя Маджапахит не только резко сократилась по своей территории, но и утратила своё былое значение, а в 1520 г. распалась.