Весной 1809 г. Австрия, ободренная неудачами французских войск в Испании, начала новую войну против Франции. Образовалась пятая антифранцузская коалиция в составе Англии и Австрии. Россия, формально состоявшая в союзе с Францией, уклонилась от активной помощи Наполеону, ограничившись концентрацией войск в Галиции у австрийской границы. Военные действия начались в то время, когда главные силы французской армии еще только возвращались из Испании. Однако австрийское командование не сумело использовать этого преимущества. 13 мая 1809 г. войска Наполеона вступили в Вену, а 5-6 июля разбили австрийскую армию под Ваграмом. Феодально-абсолютистская Австрия еще раз показала свою неспособность противостоять буржуазной Франции, хотя на этот раз победа далась Наполеону с несравненно большими, чем прежде, усилиями.

В октябре 1809 г. в Вене был заключен мир, по которому Австрия уступала Франции и подвластным ей странам территорию с населением свыше 3,5 млн. человек. Галицию Наполеон передал герцогству Варшавскому. Наполеоновская Франция приобрела Триест, Рагузу (Дубровник), Хорватию и другие территории, составившие вместе с Далмацией так называемые Иллирийские провинции французской империи.

В последующие два года Наполеон включил в состав своей империи Голландию и северные немецкие земли с Бременом, Гамбургом и Любеком.

В ходе войны 1809 г. Наполеону опять пришлось столкнуться с той новой для него и грозной силой, которая уже проявила себя в Испании, - с национально-освободительной борьбой народных масс. В апреле 1809 г. началось восстание тирольских крестьян под руководством трактирщика Андреаса Гофера и крестьянина Шнекбахера. Тирольские партизаны нанесли серьезные удары французским войскам. Почти одновременно произошли восстания в Пруссии, Вестфалии, Брауншвейге, Саксонии. Майор Катт, полковник Дернберг, майор Шилль и ряд других организовали военные отряды и, опираясь на местное население, начали партизанскую войну против французов. Французским войскам потребовалось много усилий и времени, чтобы подавить эти восстания. Наиболее упорно дрались тирольские крестьяне. Лишь в конце 1809 г. их борьба была сломлена. Вождь тирольских повстанцев Гофер был казнен.