В начале 70-х годов XV века Новгород переживал трудные времена. В городе часто вспыхивали восстания горожан против знати, которая не могла справиться своими силами с мятежниками и прибегала к помощи польско-литовского короля.
После того как умер авторитетный архиепископ Иона, бывший в свое время главой новгородского боярского правительства, в Новгород прибыл на княжение посланный польским королем и литовским князем Михаил Олелькович. Новгородцы решили, что им не нужен архиепископ, присланный московским митрополитом. Переговоры об этом они стали вести с литовским православным митрополитом, который находился в Киеве. Одновременно с этим были отправлены послы к Казимиру IV с просьбой о поддержке Новгорода в войне с Иваном III. Весной 1471 года Михаил Олелькович уехал в Киев, а Иван III принял решение идти войной на Новгород. Религиозная окраска этого похода должна была сплотить всех князей против новгородцев. Решено было привлечь к походу жителей Вятки, Устюга, Пскова, а также население новгородских пятин и пригородов. Войска намеревались окружить Новгород и перекрыть все пути, которые вели в Литву.
В мае 1471 года Иван III послал 10-тысячное войско под руководством князя Холмского и князя Пестрого-Стародубского на Новгород. Вскоре к ним присоединились со своими полками братья Ивана III, удельные князья Юрий и Борис. Дружина князя Д.Д. Холмского захватила и сожгла Старую Русу, а после этого, согласно плану, вышла к реке Шелони, встав на ее правом берегу лагерем. В середине июня отряд под командованием князя И.В. Оболенского-Стриги и татарского царевича Даньяра вышел из Москвы на Вышний Волочок и пошел вниз по течению реки Меты на Новгород. 20 июня главные силы московского войска покинули Москву и двинулись через Тверь, где к ним присоединился тверской полк, к южному берегу озера Ильмень. Из Пскова на соединение с московским войском выступил отряд псковичей, воевавших с Новгородом. Новгород тоже готовился к сражению. Бояре собрали всех горожан, способных держать оружие. Но, несмотря на большую численность (по отдельным оценкам, до 40 тыс. чел.) и хорошую вооруженность, боеспособность новгородского войска, ввиду отсутствия боевого опыта, была очень низкой.
Но 14 июля 1471 года на левом берегу реки Шелони между ее устьем и городом Сольцы (точное место Шелонской битвы не установлено) новгородцы неожиданно столкнулись с передовым полком московского войска (ок. 5 тыс. чел.), шедшим на соединение с псковичами. Несмотря на большое численное превосходство новгородцев, князь Холмский смело атаковал их. Необученное, плохо организованное и в своей массе не заинтересованное в войне новгородское ополчение не смогло устоять против отборного великокняжеского войска и было наголову разгромлено (потери, по преувеличенным данным, составили более 12 тыс. убитыми и ок. 2 тыс. пленными).
Поражение Новгорода в Шелонской битве предопределило ликвидацию политической независимости Новгородской феодальной республики. 27 июля в приснопамятном для новгородцев местечке Коростынь они встретились с делегацией новгородцев во главе с владыкою Феофаном. Условия москвичей были достаточно мягкими: новгородцы присягали на верность Ивану III и выплачивали контрибуцию в размере 16 тысяч серебряных новгородских рублей. Иван III возобновил существовавший до этого времени договор и расширил свои права. Политика московского князя в это время отличалась умеренностью: был нанесен удар по «литовской партии», но политический строй Новгорода не изменялся. Однако конец его уже был недалек. Можно сказать, что действия главных сил были лишь демонстрацией возросшей военной мощи Московского великого княжества и единства «всей Руси».