Наступил последний этап восстания Болотникова, участники которого «затворились» в Туле. 21 мая 1607 года во главе большой армии выступил на Тулу, «на свое государево и земское дело», царь Василий Иванович.
6 июля 1607 года началась осада города. Четыре месяца отряды Болотникова и Лжепетра успешно обороняли город. Лишь реализация замысла сына боярского И. Кровкова, предложившего запрудить реку Упу и затопить Тулу, помогла сломить сопротивление повстанцев. Весь город стоял в воде, пути подвоза были отрезаны, среди осажденных свирепствовал голод, многие умирали. 10 октября 1607 года тульские осадные сидельцы сдались. Добровольно сдались и «царевич Петрушка», и И. Болотников, и другие лидеры восстания.
«Царевич» был казнен в Москве, Иван Болотников в ссылке — «посажен в воду» в Каргополе.
Оставшиеся в живых участники этого движения — И.М. Заруцкий, А.З. Просовецкий — и другие повстанцы, уцелевшие после его разгрома, продолжили борьбу с правительством царя В.И. Шуйского в рядах войска Лжедмитрия II.