В ходе Ливонской войны — войны России за выход к Балтийскому морю — Русское государство стремилось снять блокаду, установленную Ливонией, польско-литовским государством и Швецией. Одновременно Россия пыталась наладить торговые отношения с европейскими странами без посредников, прежде всего через Нарву, Ревель, Ригу.
22 января 1558 года 40-тысячная русская армия вторглась в пределы Ливонии в районе Изборска более чем на 200 км, совершив рейд в направлении Тарту, Раквере и Нарвы (ЮрьевДерпт, Везенберг).
Стремясь оказать давление на ливонские власти, русские войска полностью опустошали территории, по которым проходили. Весной армия Ивана IV вернулась в Ивангород с богатой добычей, ведя с собой толпы пленников. Магистр Ливонского ордена запросил мира. Военные действия временно были прекращены. Однако ливонцы нарушили это перемирие.
В начале апреля во время Великого поста Ивангород неожиданно обстреляли из Нарвы. Русские воеводы Куракин и Бутурлин известили об этом царя, и государь велел открыть ответный огонь. Из Ивангорода открыли ответный огонь, и более недели Нарва подвергалась артиллерийскому обстрелу. Большие разрушения и гибель людей вынудили бургомистра Нарвы снова просить о перемирии. 9 апреля обстрел Нарвы прекратился. В Москву на переговоры поехали нарвские депутаты Иоахим Крумгаузен и Арндт фон Деден, а в Ивангороде остались два заложника. Снова установилось непродолжительное перемирие, которое ливонцы нарушили. Узнав о том, что магистр Ливонского ордена послал под Нарву подкрепление, они открыли в конце апреля по Ивангороду кратковременный огонь из пушек, чем немедленно вызвали ответный огонь.
11 мая 1559 года наступила развязка. Утром в Нарве вспыхнул пожар. Огонь вынудил жителей оставить город и укрыться в замке. Увидев, что город охвачен паникой, русские войска воспользовались благоприятным моментом и устремились на штурм Нарвы. На лодках, спешно сколоченных плотах, досках и других подручных средствах они быстро переправились через реку и ворвались в горящую Нарву. Через «Русские ворота» вошли войска под командованием Алексея Басманова и Данилы Адашева, а через «Колыванские» — войска под командованием Ивана Бутурлина. Защитники Нарвы не успели перетащить свои пушки со стен в замок, и ими тут же завладел противник. После некоторого ослабления огня ландскнехты попытались выбить русские войска из города, но это им не удалось. Положение в Нарве было отчаянное: по замку велся огонь не только из Ивангорода, но и с собственных городских стен, поскольку нарвские пушки были захвачены русскими. Защитники замка вынуждены были сдаться.
К вечеру 11 мая стороны договорились об условиях сдачи замка. В темноте город покинули отряды гарнизона и те жители Нарвы, которые не пожелали присягать на верность русскому царю. Победители выполнили свое обещание: отпустили пленных и разрешили уйти всем желающим. Русским войскам достались богатые военные трофеи, в том числе 230 пушек. В Москву поскакал гонец с сообщением о захвате Нарвы. Весть о победе дошла до царя. Победную весть встретили колокольным звоном.
Взятие Нарвы имело исключительно важное значение для Русского государства. Расположение города на реке вблизи моря давало ему возможность выполнять функции торгового порта — главного звена в экономических связях России с европейскими странами. Населению города были предоставлены многие торговые льготы и привилегии.
В связи со сменой завоевателей произошли большие изменения в религиозной жизни горожан. В завоеванном городе Иван IV приказал очистить место «от веры латинской и лютеровой» и построить два православных храма — один в городе, второй — в крепости. Первое каменное здание возвели в Старом городе на Вышгородской улице. Церковь была небольшой, одноглавой, с квадратным планом.
Сходное по архитектуре второе здание построили на территории Ивангородской крепости. Архиепископ Новгородский Пимен отправил в Нарву в 1558 году делегацию православного духовенства освятить храмы. Зная нужду в колоколах для новых церквей, псковичи один привезли с собой. Колокол, отлитый в 1518 году, был пожертвован для Нарвы псковским Свято-Троицким собором. Он сохранился до настоящего времени, и вы можете его увидеть перед входом в Нарвский замок с правой стороны.
По русским источникам, взятие Нарвы в 1558 году сопровождалось чудом. В псковской летописи сказано: немцы варили пиво и, издеваясь, подбросили под котел образ Николая Чудотворца, принадлежавший псковским купцам; пламя выскочило из печи и спалило дом, где произошло кощунство, а затем и весь город. Впоследствии в пепле нашли целыми брошенный в печь образ Николая Чудотворца, а также икону Божией Матери Одигитрии (Тихвинской).
Ливонские летописцы, размышляя о бедствиях своего отечества, приводят в хрониках ряд чудесных явлений и знамений, пророчивших гибель Ливонии в середине XVI столетия. Все источники — и русские, и ливонские — указывают один и тот же дом, где начался пожар. Он принадлежал парикмахеру Кордту Улькену. Называя причину этого пожара, все летописцы указывают на гнев Божий.